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南京中医药大学始建于1954年，是中国建校最早的高等中医药院校之一，是教育部和江苏省共建的国家“双一流”世界一流学科建设高校，是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校、江苏省重点建设高校、江苏省高水平大学建设高校，是世界一流中医药大学建设联盟、长三角医学教育联盟创始成员，是世界卫生组织(WHO)传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国首批博士和硕士学位授权单位、全国古籍重点保护单位、全国中医师资进修教育基地、国家建设高水平大学公派研究生项目实施高校、国家“特色重点学科项目”建设高校、国家“卓越医生(中医)教育培养计划”改革首批试点高校、国家级人才培养模式创新实验区、中国政府奖学金来华留学生接收院校。
南京中医药大学不仅主持编写了第一套中医高等教育教材和教学大纲，也为新中国现代高等中医教育输送了第一批师资，培养并诞生了承淡安、叶橘泉等新中国中医药界最早的学部委员(院士)，从这里走出了9位“国医大师”(占全国的三分之一)、5位中医药界院士(占全国的二分之一)，被誉为“新中国高等中医教育的摇篮”。
截至2019年9月，学校有仙林和汉中门两个校区;各类在校生近2万名;设有10余个二级学院，33个本科专业，涉及医、管、理、工、经、文6个学科门类，形成了以中医药为主体、中西医结合、多学科为支撑协调发展的办学格局;拥有6个直属附属医院，29个非直属附属医院、4个中西医结合临床医学院和3所附属药业公司。